Rafael Márquez werd op 14-jarige leeftijd door Hugo Diaz, een talentenjager van Atlas, opgemerkt. Hij verliet zijn familie in de Mexicaanse provincie Michoacan en trok naar de grootstad Guadalajara waar hij het bij Atlas helemaal waarmaakte. Monaco ontekte Marquez in 1999 toen hij met Mexico in Paraguay voor de Copa America voetbalde.
Márquez kende in het Franse Prinsdom weinig aanpassingsproblemen en speelde er met Monaco een overtuigend eerste seizoen. Een knieblessure hield hem enkele maanden van het veld, maar brak zijn loopbaan niet. Na een sterk WK2002 toonden Real Madrid en enkele Intaliaanse topclubs verregaande belangstelling in de Mexicaanse kapitein, maar Rafa bleef Monaco trouw. Voor één jaar, want in 2003 ging de 'keizer van Michoacan' wel in op een aanbieding van Barça.
Na een weifelend eerste seizoen bij Barcelona brak de stevige Márquez in 2004 als vervanger van de geblesseerde Edmílson op het middenveld helemaal door. Bij de terugkeer van de Braziliaan werd Márquez opnieuw centraal in de verdediging naast Puyol geposteerd. De Mexicaan, die bekend staat om zijn gave traptechniek, rendeerde daar zo goed dat zijn contract tussentijds tot 2010 werd verlengd. Afgelopen seizoen werd Rafa geplaagd door diverse kwetsuren, waardoor hij weinig tot spelen toekwam en dus niet veel aan het team kon toevoegen. Zijn positie werd achterin door Milito en op het middenveld door Yaya Touré overgenomen. Márquez mag het in het komende seizoen opnieuw bewijzen. Hij is door Guardiola aangewezen als belangrijke pion in de nieuwe plannen van de trainer.
